König Ferdinand III. verschmolz 1230 die Fahnen der Königreiche Kastillien und Leon, die Ursprungsländereien des späteren Spaniens. Diese Flagge ist noch heute für die Provinz Castilla y Leon gültig. Sie ist in vier gleichgroße Teile geteilte und zeigt oben links ein roter Löwe auf weißem Grund. Auf den unteren zwei Felder wiederholen sind die Abbildungen in umgekehrter Reihenfolge.
Das Königreich Aragon führt zur gleichen Zeit bereits eine gelbe Flagge mit fünf roten senkrechten Streifen.
Unter der Herrschaft des deutschen Kaisers Karl V. (in Spanien Karl I.) erhielt Spanien eine Seeflagge. Ein weißes Tuch mit einem Andreaskreuz, daß mit Schrägzinnen belegt war, machten die Herrschaft des Burgund deutlich.
1785 führte Carlos III. erstmals die rot-gelb-rote Flagge für die spanische Kriegflotte ein, zumal diese Farbkombination noch von keinem anderen Land benutzt wurde. Damit konnte man die Flotte leicht von den anderen unterscheiden. Man fügte noch ein gekröntes Oval, die schon erwähnte Burg und den Löwen ein. Diese Flagge galt auch als Nationalflagge von 1793-1873 und wieder von 1874-1931. Während den spanishen Republiken von 1874/75 und von 1931-39 hißte man eine rot-gelb-purpurfarbene Flagge.
Als Franco 1939 an die Macht kam, wurde die rot-gelb-rote Flagge wieder eingeführt. Die drei Embleme entfielen.
Am 28.10.1981 legte man fest, das im gelben Streifen, zum Mast hin versetzt, das Staatswappen eingefügt wird.