Seit 1524 galt Guatemala als spanische Kolonie, und wurde von Mexiko aus regiert. 1821 schloss sich der Generalkapitanat von Guatemala dem dann unabhängigen Mexiko an. Unbestätigten Angaben zu folge wehte vom 19.09.1821 bis 22.02.1829 noch die spanische Flagge, die aber durch die mexikanische ersetzt wurde. Nachdem der mexikanische Kaiser Augustin I. gestürtz wurde, fielen die Mittelamerikanischen Provinzen von Mexiko ab. Vom 01.02.1823 wehnte die erste blau-weiß-blaue Fahne. Die Auswahl der Farben stand für den schmalen Landstreifen zwischen Pazifik und Atlantik, der weiße Streifen für die Ländereien Mittelamerikas. Unbestätigt ist auch der offizielle Gebrauch der guatmaltegischen Flagge mit der Aufschrift DIOS, UNION, LIBERTAT. Sie soll für den kurzen Zeitraum von sechs Wochen gedient haben. Sicherer ist dagegen, dass am 21.08.1823 die Fahne der Föderation eingeführt wurde, deren Emblem am 22.11.1824 leicht verändert wurde. Paralell wurden auch noch die Flaggen der Provinz Guatemala gehisst (siehe unten). Im Jahre 1838 wurde die Föderation gewaltsam aufgelöst, die Fahne der Föderation wurde aber erst 1847 offiziell abgeschafft. Bis 1851 waren die Flaggen in verschiedenen Varianten immer blau-weiß-blau. Am 14.03.1853 wurde unter dem diktatoreischen Einfluss von J.R. Carreras, der auch schon 1838 die Republik Guatemala ausrief, kamen zu den traditionellen Farben die spanischen Farben Gelb und Rot hinzu. Nur fünf Jahre später änderte man die Farbfolge.
Am 17.08. 1871 kehrte man wieder zu den traditionellen Farben zurück. Am 12.09.1968 legte man durch einen Regierungsbeschluss die Farben und das Wappen fest. Das Wappen zeigt einen Quetzal (ein Vogel, der auch der Namensgebung der Landeswährung Pate stand), der auf einer Papierrolle sitz. Nach einer alten Sage gingen die Ureinwohner der Landes aus einem Queztal hervor. Er gilt deshalb als Symbol der Feiheit und weist auf das indianische Erbe hin. Auf der Papierrolle ist das Datum der Unabhängigkeitserklärung geschrieben. Am unteren Rand kreuzen zwei Gewehre und zwei Degen, die den Verteidigungswillen und die Freiheit symbolisieren. Umgeben wird das Wappen von einem Lorbeerkranz. Am 26.12.1996 wurde in der Inschrift der Papierrolle "Setiembre" durch "Septiembre" ersetzt.