Die mannigfaltige Geschichte der griechischen Flaggen begann schon zur Zeit der Osmanischen Oberhoheit um 1461.
Während der türkischen Herrschaft erlaubten die Machthaber der Kirche ihre eigenen Flaggen zu zeigen. Meißt waren es Tücher mit Heiligendarstellungen, aber auch blaue Kreuze mit weißem Tuch oder umgekehrt. Nach und nach setzte sich die Kreuzflagge durch und galt bald als Zeichen des Widerstandes gegen die Osmanische Herrschaft unter dem Halbmond.
Unter britischem Schutz entstand um 1800 auf den Ionischen Inseln, dem Festland vorgelagteren Inselgruppe, der erste griechische Staat. Man hißte eine blaue Flagge mit einem goldenen Markuslöwen. 1815 fügte man einen roten Rand, und 1815 den britischen Union Jack im Gösch ein. Bald begann auch der Freiheitskampf auf dem Festland. Verschiedene Verbände führten ihre eigene Flagge in der Kampf. Einer der Anführer, Nikophoros Phokas verwandte dabei eine Flagge mit neun blauen und weißen Streifen. Im Gösch war ein weißes Kreuz mit der Inschrift "In diesem Zeichen siegst du" zu sehen.
Als erste offizielle Flagge gilt die des Ypsilanti (um 1820). Hierauf waren rot-weiß-schwarze Streifen zu sehen. Die Flagge verschwand aber nach Yspilantis Niederlage 1821. Am 22. März gleichen Jahren hißte Lontos in Patras eine rote Flagge mit schwarzem Kreuz auf liegendem weißen Halbmond. Kurzfirstig galt auch eine rote Flagge mit weißem Kreuz.
Erst im Januar 1822 wurden Farbe und Form einer griechischen Flagge bestimmt und am 15.03.1922 durch eine Verordnung festgelegt. Doch noch mehrmals wechselte die Flagge zwischen der blauen mit weißem Kreuz und der Streifenflagge. 1973 wurde die heutige Flagge als einzige mit dem hellblauen Ton und in den Proportionen 2:3 festgelegt.
Die Flagge symbolisiert Freiheit, das Land und Gottes Weisheit. Das Kreuz deutet auf die Religiosität des Volkes hin. Die neun Streifen stehen für die neun griechischen Silben des Schlachtrufes des Freiheitskampfes "Freiheit oder Tod". Außerdem symbolisieren sie Farben Blau das Meer und den Himmel und Weiß die Reinheit des Kampfes während der Unabhängigkeit.