Die Farben der deutschen Flagge entstanden aus der Uniform des Lützowscher Freiheitskorps. Diese hatten eine schwarze Uniform, rote Aufschläge und goldene Knöpfe. Als die Jenaer Burschenschaft im Jahre 1816 gegründet wurde, stickte Amalie Nitschke eine Fahne in den Farben Rot-Schwarz-Rot mit goldenem Eichenkranz. Diese und ähnliche Flagge trugen dann die Studenten auf dem Wartburgfest im Jahre 1817. Auf der Gründungsversammlung der Teuschen Burschenschaft schlugen die Jenaer diese Farben auch als Bundesfarben vor. Sie waren ja auch im Adlerwappen des Heiligen Römischen Reiches Deutschen Nationen zu sehen.
So gelangte die Bundesfahne vor allem durch die Studentenbewegung in das Bewußtsein der Deutschen und stand als einer der Symbole für die Schaffung eines deutschen Staates. Am 27.3.1832 traf man sich unter den Farben der "Wiedergeburt" Deutschlands. Auch die Frankfurter Nationalversammlung nahm diese Farben an.
Preußen führte 1848/49 unter der schwarz-rot-goldenen Flagge Krieg gegen Dänemark, verbot sie aber schon 1850 wieder. Am 9.12.1866 entschied sich der Norddeutsche Bund für eine schwarz-weiß-rote Flagge. Schwarz und Weiß waren preußische Farben, das Rot war die Farbe der Hansestädte. Bei der Gründung des Deutschen Reichen 1871 in Versailles wurden diese Farben auch zur Flagge des Deutschen Reiches.
Während der Weimarer Republik kam es zu einem heftigen Flaggenstreit, bei der die Burschenfarben als siegreich hervorgingen. Ab 1933 wurde auch die Hakenfahne gezeigt, die wieder in den Farben Rot-Weiß-Schwarz gehalten war. In der Mitte stand auf weißem kreisförmigen Grund das schwarze Hakenkreuz (Swastika).
Nach dem Zusammenbruch des Naziregimes am 08.05.1945 war das sogenannte C-Emsign die einzige Flagge, die offiziell gehisst werden durfte. Sie wurde abgeleitet von der Signalflagge für den Buchstaben C, die legidlich eingeschnitten wurde. Vorallem wegen internationeler Rechte hatte man diese einfache Lösung als Übergang vorgesehen, da Handelsschiffe ja "Flagge zeigen" mussten.
Der parlamentarische Rat von 1949 sprach sich mit nur einer Gegenstimme für die heutige Fassung aus. Im September 1949 wurde die gleiche Flagge auch für die DDR angenommen. Um sich von der bundesdeutschen Flagge zu unterscheiden, wurde 1959 das Staatswappen mit Hammer, Zirkel und einem Ährenkranz eingesetzt. Der Ährenkranz symobisierte die Bauern, der Hammer die Arbeiter und der Zirkel die Intelligenz. Mit der Wiedervereinigung am 3.10.2000 wurden diese Symbole hinfällig.